Połączenia szyfrowane umożliwiają bezpieczne przesyłanie i pobieranie plików z/do serwera FTP z gwarancją iż dane, nie dostaną się w niepowołane ręce.
Ze względu na kodowanie danych, połączenia szyfrowane (FTPS, FTP SSL czy FTP TLS), mogą charakteryzować się nieco wolniejszym przesyłem danych, większym wykorzystaniem CPU i zwiększonym wykorzystaniem transferu niż ma to miejsce w przypadku zwykłych, niekodowanych połączeń ftp. Dlatego warto posiadać także zwykłe konta FTP, do przesyłu np. dużych plików graficznych i innych multimediów.